Automatisierung der Probenvorbereitung mit hohem Durchsatz

Die Probenvorbereitung biologischer Proben ist ein wesentlicher Bestandteil der LC-MS-basierten Proteomik, da sie aufgrund der Vielfalt der Komponenten und ihrer Konzentrationen von Natur aus komplex ist.

In zunehmendem Maße und insbesondere bei Kohortenstudien zu Krankheiten ist eine Hochdurchsatzanalyse erforderlich, d. h. kurze Messzeiten oder Multiplexanalyse. Hochdurchsatzplattformen, die die Analyse einer großen Anzahl von Proben ermöglichen, werden sowohl in der Forschung als auch in Krankenhäusern benötigt, wo Ärzte und Patienten schnelle Antworten verlangen. Bei der Konzeption eines Verfahrens sollten daher Bemühungen zur Optimierung der Durchsatzparameter berücksichtigt werden. Bei der Durchführung von Quantifizierungsexperimenten ist es außerdem wichtig, die Anzahl der Handhabungsschritte vor der Analyse zu reduzieren, um den Verlust von Analyten zu minimieren und eine gute Schätzung oder besser eine Messung der Effizienz der Wiederfindung zu erhalten. Ein dritter Aspekt, der berücksichtigt werden muss, ist die Art der Probe.

Probendurchsatz und Robustheit des analytischen Arbeitsablaufs sind bei den meisten Anwendungsarten von großer Bedeutung, angefangen bei biologischen Proben. In der MS-basierten Proteomik hat sich der Probendurchsatz aufgrund der Entwicklungen in der Automatisierung, der MS-Technologie und der verbesserten Geschwindigkeit bei der Datenverarbeitung enorm erhöht. Um die Geschwindigkeit der analytischen Probenvorbereitung mit der Flüssigchromatographie-Tandem-Massenspektrometrie (LC/MS/MS) auszugleichen, ist der Einsatz von Robotersystemen mit hohem Durchsatz für die Probenaufbereitung unerlässlich. Die Tandem-Massenspektrometrie (MS/MS) im Anschluss an die Festphasenextraktion (SPE) in 96-Well-Platten ermöglicht die gleichzeitige Analyse von 96 Proben mit geringem Hintergrundrauschen. Darüber hinaus kann die Verarbeitung einer relativ kleinen Anzahl von Proben durch Fraktionierung, Aufreinigungsschritte und Wiederholungen schnell zu einer großen Anzahl von Proben für MS-Messungen führen. Neben der Erhöhung des Probendurchsatzes verbessert die Automatisierung auch die Genauigkeit und Präzision des Arbeitsablaufs. Sofern ein Liquid-Handling-System regelmäßig kalibriert und gewartet wird, führt eine solche automatisierte Plattform jedes Verfahren im Laufe der Zeit auf standardisierte Weise durch, während größere Abweichungen auftreten, wenn die gleichen Verfahren von verschiedenen Personen durchgeführt werden.

Affinisep bietet eine breite Palette von SPE 96-Well-Platten an, die zu jedem Automaten kompatibel sind.

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