Proteomik

Bei der Shotgun-Proteomik handelt es sich um Bottom-up-Proteomikverfahren zur Identifizierung von Proteinen in komplexen Gemischen mit Hilfe der Massenspektrometrie.

Mehrere Fraktionierungs- oder Trennmethoden werden häufig kombiniert, um das Signal-Rausch-Verhältnis und die Proteomabdeckung zu verbessern und die Interferenz zwischen Peptiden in der quantitativen Proteomik zu verringern. Darüber hinaus liefert eine bestimmte Fraktionierungsmethode zusätzliche Informationen über die Analyten, wie z. B. Molekulargewicht, Hydrophobizität oder isoelektrischer Punkt, die zur Verbesserung der Identifizierung und zur Entdeckung von Proteinspleißvarianten oder großen posttranslationalen Veränderungen genutzt werden können.

Nach der Zelllyse oder -isolierung enthalten Lysate oft Verunreinigungen, die mit den nachgeschalteten Schritten nicht kompatibel sind.

AFFINISEP hat spezielle Werkzeuge auf der Grundlage von AttractSPE Disks entwickelt, die einfach und effizient:

  • Entsalzen :
    Vor der MS-Analyse von Peptiden oder Proteinen ist der Entsalzungsschritt ein entscheidender Schritt, um Salze zu entfernen und die Peptide/Proteine aus In-Gel- und In-Solution-Verdauungen zu reinigen.
    Die Wahl des Sorptionsmittels ist wichtig, da das Sorptionsmittel Peptide bindet und es ermöglicht, Salz und andere Verunreinigungen aus der Probe auszuwaschen. Anschließend werden saubere Peptide und Proteine eluiert und analysiert.
  • Fraktionieren :
    Die Peptidfraktionierung ist ein äußerst wichtiger und anspruchsvoller Schritt bei proteomischen Ansätzen, die mit immer komplexeren Gemischen konfrontiert sind.
    Das Ziel ist es, jede Fraktion für eine vereinfachte Analyse zu vereinfachen, um mehr Informationen zu erhalten.
  • Detergenzien aus den Proben entfernen können :
    Für eine gute Solubilisierung von Proteinen und deren Verdauung sind Detergenzien erforderlich.
    Diese Verbindungen können die Identifizierung der Peptide/Proteine beeinträchtigen und ihre Entfernung ist ein wichtiger Schritt für eine bessere Peptididentifizierung.
  • Puffer austauschen.

Es können mehrere Sorbentien verwendet werden, z. B. HLB, C18, C8, DVB (hydrophob), ionische Polymere für schwache oder starke Wechselwirkungen (RPS, SAX, WAX, SCX, WCX)… Das Produkt ist in verschiedenen Formaten erhältlich: Stage Tips (SPE-Tips), Spin SPE, 96 Plates SPE. Wenn Sie Ihre Aufreinigung skalieren müssen, ist das gleiche Harz auch im Kartuschenformat erhältlich.
Je nach Probengröße stehen verschiedene Formate zur Verfügung: SPE-Tips, 2mL/15mL/50mL Spin-Tubes/Kartuschen mit SPE-Disks oder 1mL/Mikroelution 96-Well-Platten.

Um dem Bedarf an hohem Durchsatz und schneller Entfernung kleiner Moleküle aus Proteinprobenpräparaten gerecht zu werden, haben wir unser Angebot um 96 SPE-Platten erweitert.